正当周恩来和毛泽东等大批共产党干部，兢兢业业埋头工作时，蒋介石却开始实施他的反共阴谋。
早就怀有极大个人野心的蒋介石，在与中共合作的东征过程中，把发挥了巨大作用的共产党领导和共产党员，看作是今后阻碍自己权力的一个个巨大障碍，必须要加以彻底铲除。
周恩来对蒋介石两次提出，要求把所有在黄埔军校及军队中的共产党员的名字，都告诉蒋介石，并用高官厚禄拉拢周恩来，可警觉的周恩来以“此事关系两党，需请示中共中央才能决定。”搪塞过去，不为所动。
1.蓄谋制造“中山舰”，妥协退让逆贼狂
事后，蒋介石同周恩来个别谈话，进一步提出：为了保证黄埔军校的统一，共产党员或者退出共产党，或者退出黄埔军校与国民党。他还用高官厚禄拉拢周，可周恩来仍不为所动。此时的周恩来，作为一个成熟的无产阶级革命家，已经把个人的生死安危，都置于党的革命事业之外了。
蒋介石所暴露出来的反共面目，却引起了周恩来的警觉。他在1926年1月国民党第二次全国代表大会前夕，从汕头回到广州，同陈延年和苏联政治顾问鮑罗廷商量。
他们商定：应该采取打击右派，孤立中间派，扩大左派的政策。
计划把共产党员全部从蒋介石部下撤出，并计划在大会选举中，少选中派，多选左派，使左派占绝对优势，以此回击蒋介石。
周恩来带着这个意见返回汕头，准备接到中共中央回电后，立即向蒋介石正式提出。
可是，等了好久，中共中央来电却不同意（这样做）。这是陈独秀右倾机会主义对蒋介石的一次大让步。（实际上，这即是苏联共产国际的主导意见。）
3月17日，周恩来被蒋介石的电报招回广州。警觉的周恩来发现蒋介石与右派来往密切，见他时神色也不对，就预感到要有什么情况发生。
他找机会把蒋介石的异常情况告诉了给苏联顾问兼当翻译的广东区委宣传部长张太雷。
张太雷和苏联军事顾问季山嘉说了，却未引起重视。
于是，怀有巨大政治野心和掌控军事实权的蒋介石，便通过“中山舰事件”和清理党务案等一系列阴谋活动，对积极投身于国共合作，不断掀起国民革命新高潮，致力于反帝反军阀斗争的大革命取得胜利的共产党人，进行清除、拉拢，谋害，下毒手了！……（《伟人的青少年时代 周恩来》第66至67页）
鮑罗廷重看蒋介石，与他轻看中国共产党同时发生……尤其蔑视在上海的中共中央。他在中国工作三年，不仅把“国共合作”变成了“国苏合作”，更热衷于把这种合作推向与孙中山、汪精卫、蒋介石个人的合作……
鮑罗廷在斯大林那里如日中天，共产国际也只有保持沉默。
在广州的苏联顾问也不是都同意鮑罗廷重国民党轻共产党的态度。继加仑之后担任军事顾问的季山嘉就说：“国民革命军的一切政治成就都应完全归功于共产党人。这一点哪怕以黄埔军校为例也是显而易见的，黄埔军校是共产党人最多的地方，因此也是国民革命军最稳定的一部分。”可赶走了加伦的鮑罗廷又开始反对季山嘉……他十分有把握地说“军队领导人已完全处在我们的影响之下”，蒋介石等四个军长“完全可靠”。
在鮑罗廷的主观意识主导之下，联共中央政治局也认为，中国革命的任务是“强调作为民族解放思想最彻底最可靠的捍卫者国民党的作用，并将其提到首要位置。”中共必须向国民党右派和中派让步。
但这位权术大师很快要开始尴尬了：他严重低估了蒋介石的能量。
……
第二次东征大捷使蒋介石军功威名如日中天。返回广州途中沿途男女老少观者如堵，道为之塞；至汕头盛况达到空前：社会各团体整齐列队欢迎，民众簇拥，万头攒动；一路军乐悠扬，鞭炮毕剥，工会前导，次枪队，次步兵，次汽车，卫队为殿，连孙中山当年也没有如此之风光。
广州的汪精卫、谭延闿等联名致蒋：“吾兄建此伟功，承总理未竟之志，成广东统一之局，树国民革命之声威，凡属同志，莫不钦感……”
国民政府要员站成一列，以前所未有的谦恭，向军权在握的蒋介石致敬。
1926年1月，广州举行国民党“二大”，到会的256人，选举中执委时有效票总数249张，蒋介石得票248张，以最高票数当选中执委委员……
国民党“一大”连张入场券都未弄到的蒋介石，个人名声在“二大”达到顶点。广州第一公园门口出现一副对联，上联“精卫填海”，下联“介石补天”。
……
声名达到顶点后，他便动手了。
1926年3月发生 （制造）了“中山舰事件”，蒋介石又是“一石三鸟”。
这回打击的重点变成了中国共产党、苏联顾问团和汪精卫。（金一南著《苦难辉煌》第81页）
中山舰事件，即3·20事件。3月18日，海军局接到黄埔军校驻广州办事处主任、孙文主义学会骨干欧阳钟的一个命令：“转奉校长命令，着急通知海军局迅速派得力兵舰二艘，开赴黄埔，听候差遣。”海军局代局长、共产党员李之龙接到命令后，当晚速派有战斗力的中山舰和宝壁舰前往。因原定苏俄参观团要参观军舰，19日，李之龙即打电话向正在广州的蒋介石请示，可否调中山舰返广州。蒋介石否认有调中山舰去黄埔的命令。得蒋介石允许后，李之龙令中山舰于19日夜返广州。
孙文主义学会一面假造蒋介石的命令，骗李之龙令中山舰开至黄埔；一面则密告蒋介石，说李之龙要请蒋校长赴苏俄，这是共产党的倒蒋阴谋。蒋介石借此时机，向国民党左派进行攻击，大造谣言，污蔑李之龙“擅自”将军舰开进黄埔，“显系有阴谋暴动”。便于3月20日晨3时，蒋介石以共产党有“阴谋暴动”为借口，实行戒严；派亲信陈兆英（虎门要塞司令）、欧阳格（海军军官学校副校长）率兵占领中山舰及海军舰队；逮捕李之龙及其他50余人；出动部队解除省港罢工委员会的武装；派吴铁城（广州公安局局长兼独立师师长）率部包围苏联领事馆和顾问团驻地，断绝交通，监视汪精卫和各师党代表；拘留各舰舰长及党代表；拘留中央军事学校及第一军中的全体共产党员；密令监视黄埔军校教育长邓演达等国民党左派。（中央文献出版社2008年《青年毛泽东》第320页）
周恩来闻讯，立即赶来见蒋介石。劈头就问：“请告诉我，黄埔的事是不是你下的命令？”
蒋介石好像料定周恩来会来找他，不慌不忙地说：“你们共产党分明就是要把我从黄埔军校赶走嘛！我说过，黄埔是我的，我不会让它被分裂的。”
周恩来平静下来，说：“这只是你的借口。我希望你在事情还可以挽救的时候，下令释放被捕的人。”
蒋介石说：“人嘛，我是会放的。我从来没说过要反对共产党。我们在一起共事，不一直很愉快嘛！”顿了顿，他又说：“你在这里休息一下吧，我还有事。然后，我们可以商量一个解决问题的办法。”说完，从侧门走了。
周恩来只好坐下来等蒋介石，可怎么等也不见他回来，恍然明白，他已被软禁在这里了。
一直到晚上，蒋介石才让人来告诉周恩来：想让他放人，必须答应他两个条件：第一，共产党员全部退出第1军；第二，不退出的要交名单。
于是，周恩来、陈延年、聂荣臻、黄锦辉等人连夜商量对策。
周恩来态度坚决地表示：“我的意见是，我们不能再退让妥协，要进行反击。”
聂荣臻也说：“我赞成反击。蒋介石反共嘴脸已暴露无遗。再退让，只会给我们造成更大的损失。”
周恩来说：“现在6个军，只有第1军是直属蒋的，另外5个军都不会听他的，有的还想搞掉蒋。而在第1军的3个师中，有2个师的党代表是我们的人。9个团的党代表，我们占了7个，团长有两个是共产党员。营以下各级军官和部队中的共产党员也不少。至于同情左派的革命力量就更大了。我们完全有能力把蒋搞下台。”
陈延年说：“我同意恩来同志的分析。可我们不能忽略一个问题：就算把蒋搞掉了，其他军长同样是军阀，只要革命侵犯到他们的利益，他们同样会反共反人民的。”
最后，他们决定还是请示党中央，究竟如何处理，由党中央决定。（时代文艺出版社 郑春兴主编2016年出版《伟人的青少年时代 周恩来》第66至70页））
在中共中央文献研究室主编、中央文献出版社1996年出版的《毛泽东传》中，也这样记载：“中山舰事件”发生的当天晚上，毛泽东就赶到苏联军事顾问团的住所，同顾问团代理团长季山嘉商量对策。中共广东区委书记陈延年也在那里，他们俩都主张反击。毛泽东还建议，动员在广州的国民党中央执监委员，密赴肇庆叶挺独立团驻地开会，通电讨蒋，削其兵权。但遭到拒绝。随后，毛泽东又到国民革命第二军副党代表李富春家里了解情况，正好碰上第一军副党代表兼政治部主任周恩来。周恩来回忆说：“我在富春家遇毛，毛问各军力量，主张反击……”
毛泽东与周恩来在商谈对策中，对在广东的国民革命军的情况，是有底数的：“黄埔军校有五百多名共产党员，在广东的国民革命军的六个军中，五个军的军长与蒋介石有矛盾，而蒋的第一军中的政治骨干大部分是共产党员，我们还掌握了一个叶挺独立团。从力量上看是可以进行反击的。只要我们的态度坚硬，国民党左派也会支持我们。只要我们态度强硬，国民党左派也会支持我们的。
这些建议都被拒绝，当时正率苏联共产党代表团在广州访问的依文诺夫斯基也不同意……在处理“中山舰事件”中事实上处于决策地位。在上海的中共中央也主张妥协。三月二十九日还发出指令说，“蒋介石的行动是极其错误的，但是，事情不能用简单的惩罚蒋的办法来解决，不能让蒋介石与汪精卫之间的关系破裂，更不能让第二军、第三军和蒋介石之间发生冲突。”对蒋介石说，“我们应该全力拯救他，将他从陷入的深渊中拔出来……”（《毛泽东传》第105页）
鮑罗廷恰巧不在。苏联顾问团皆被软禁，再用“整理党务案”把鮑罗廷架空。
共产党人也在“整理党务案”后被迫退出国民党中央和第1军。“中山舰事件”后，共产党员退出第1军和苏联总顾问季山嘉被驱逐，长期以来人们一直说是陈独秀的对蒋让步“妥协政策”的恶果，但事实真相是事件发生后，当时正在广州的联共政治局使团团长布勃诺夫在鮑罗廷的协助下亲自处理，妥协让步是他们强加给陈独秀的。布勃诺夫事后讲了六条理由，第一条便是怕“吓跑大资产阶级”，否则中共“无论如何不能现在承担直接领导国民革命这种完全力所不及的任务”。事后报告处理“三二0”中山舰事件的报告中，布勃诺夫甚至认为中共只要做“保证这场革命彻底胜利”的苦力，不要去争领导权，否则，“任何过火行为都会吓跑大资产阶级”，“造成广州政府的危机。最终加剧国民革命失败。”
布勃诺夫的高参，当然就是鮑罗廷。
布勃诺夫回国经上海时，把他的态度告诉了陈独秀。陈独秀对事变情况一无所知，匆忙表态，以中共中央名义发出指令，认为蒋受右派挑拨中，“行动是极其错误的，但是，事情不能用简单的惩罚蒋的办法来解决”；应该“将他从陷入的深渊中拔出来。”
蒋介石的回报只是赶走吴铁城、孙科、伍朝枢等人……
……而且，第三个目标就是汪精卫。
军事委员会主席的汪精卫也毫无知情，他清醒地斥责蒋介石的行动是“造反”。但斥责完之后，他也只有闭门谢客，悄然隐藏起来，怎么样也不怎么样。
……
因为7个月前，汪精卫还在与蒋介石联手，欲借廖仲恺被刺案除掉胡汉民。
廖仲恺被刺的第五天晚上，汪、蒋派遣50多名黄埔军校学生直扑胡汉民家，指示若拒捕逃跑可就地处决。胡汉民刚刚就寝，听到门外嘈杂，赶紧下床穿衣从后门逃出。外面凉风一吹稍有清醒，蓦然感觉此事肯定与汪有关，于是干脆跑到西华二巷汪精卫家。汪妻陈壁君见胡汉民狼狈跑来惊魂未定，非常诧异。听完胡汉民说，陈壁君怒不可遏，拿起电话打给汪精卫，厉声质问：“胡先生究竟犯什么罪，你要派人深夜缉捕？”汪精卫正等待胡汉民不是束手就擒便是就地正法的好消息，大义凌然地回答：“反动派就要捉，捉了就要杀！这样做是大快人心！”陈壁君见状只有低声说：“胡先生现在我们家里。”汪精卫气得一下子摔了话筒。最后担心事情闹大不好收场，才在各方面调解下让胡汉民出使苏联，离开这块是非之地。
时间刚刚过去7个月，事情就发展到要让汪精卫离开这块是非之地的地步——蒋介石指汪与中共串通，想用中山舰劫他去海参崴，所以才发动“三二0”事变。
刚刚与蒋介石联手除掉胡汉民的汪精卫，这回倒不用蒋介石劫他，4月初，汪精卫以就医为名，由广州而香港，由香港而马赛，自己老老实实上了远走他乡的外轮，被迫远走高飞。
自此，没有人能够阻拦蒋介石攫取国民党军政大权了。（《苦难辉煌》第82至83页）
从上述整个“中山舰事件”蒋介石采用的一系列威逼利诱和动用武装手段的做法可以看出，这既是一种故意制造误会和矛盾的发起的一种试探，又是一场早有准备、蓄谋已久、实施强权政治达到独裁统治的反革命叛乱。
他先是利用孙中山、鮑罗廷对他的崇信，通过参与指挥平定广州商团叛乱，讨伐滇、桂军阀杨希闵、刘震寰叛乱，两次东征讨伐陈炯明等战斗，网络党羽，集结势力，形成了篡取权利、玩弄枪杆子的基本力量。
在25年11月23日，国民党右派谢持、邹鲁联合国民党中执委委员林森、叶楚伧等，在北京西山非法召开国民党一届四中全会，通过反动决议，取消共产党员在国民党之党籍；解除李大钊、毛泽东等中央执委和候补执委之职等，实施反共。
11月27日，毛泽东以国民党“二大”代表审查委员和筹备委员的名义，会同汪精卫、李大钊、瞿秋白等联名通电全国各级党部，指出西山会议为违法。并利用代理宣传部长的正当职权，站在国共两党应紧密合作，共进国民革命的思想高度，同这些臭名昭著的歪理邪说，给予了针锋相对的揭露和批判。
12月，蒋介石以支持黄埔军校中的国民党右派成立孙文主义学会的方式，成为国民党新右派的头子和代表。
中山舰事件发生之后，蒋介石玩弄两面派手法，一方面为缓和矛盾，假惺惺向汪精卫为首的中央军事委员会提出“自请从严处分”呈文，声称由于事起，“专擅之罪，诚不敢辞”；同时，又一面拉拢各种势力，向国民党中央委员会提出：“在黄埔军校和第1军中排除共产党员、解除苏联顾问季山嘉等人职务，撤回第2军各级共产党员党代表等项提案……”对汪精卫施压。
汪精卫这个一贯善于妥协的国民党党魁，此刻在蒋介石两面三刀的阴谋面前，感到孤立，一筹莫展，愤而称病离职去了苏联。
共产国际和苏联对中山舰事件态度暧昧，认为左派力量不足以同蒋介石对抗……鲍罗廷和在中国访问的苏共代表团团长，在事件发生后，也都公开表态，主张对蒋采取和解妥协政策。
当时在上海的中共中央和陈独秀，由于开始对事件不全了解，没有立即表态。之后竟也认为对蒋介石不能惩罚，“我们应该全力拯救他，将他从陷入的深渊中拔出来。”
……共产党员被迫撤出第1军后，毛泽东、周恩来等建议把这批力量增派到其他军去，中共中央又拒绝了这一主张。故使蒋介石通过中山舰事件，不仅打击了共产党，而且打击了汪精卫和国民党左派，大大加强了蒋介石在政治上、军事上的地位。这一事件，成为国共关系发展中的一个转折点。5月15日，国民党召开二届二中全会，蒋介石借口改善国共两党关系，扬言为避免共产党在国民党的力量发展引起“党内纠纷”，应有一个“消除误会的具体办法”，提出了臭名昭著的“整理党务案”。其主要内容是：共产党员在国民党高级党部任执行委员的的人数不得超过该党部全体执行委员的三分之一；共产党员不得担任国民党中央各部部长；加入国民党的共产党员名单须全部交出；中共及共产国际发给国民党内的共产党员的一切训令，应先交联席会议通过等等。
